第一条：承包面积小于实际面积的情况以实际面积为准
在测量时，承包面积小于实际种植面积的，应该本着尊重历史，尊重农民意愿，对农户承包在土地四至范围内面积进行测量，据实登记颁发证书，多出的面积不得强行收回。
第二条：已经占用得到补偿的原则上确权时扣减
也就是说之前农户承包的土地已经被依法征用且得到了补偿，在本村确权登记工作中，一律从原承包地的面积中减除，不再确权登记。
第三条：无法复垦的承包地按照原用途和面积确权
对因国家及地方修路占用的土地，在确权登记时按照原来的面积和用途确权登记，但对征用后多出的承包地应当确认有承包户，以免发生新的纠纷。
第四条：公益用地占用的分情况处理
在村、组内因修建公路、学校、办公室等生产公益事业占用的承包地，已经办理征用手续并给予补偿的，不计算入承包地。未享受一次性补偿的，仍然按照原农村二轮承包面积确权登记。
第五条：在第二轮承包期间，村里动过土地的
在这种情况下，应当本着尊重历史与现实的原则，通过村民或小组协商，形成决议，按照土地承包现状予以确权登记。
第六条：没有批准进行建设，改变用途的不予确权
对于农户没有经过批准，自行在承包地上建房变成宅基地以及其他设施的，暂不登记，对获准建设房屋的不再列入确权登记范围。
以上就是农村土地确权登记工作中纠纷处理的六大原则，通过原则第一条可知，本次土地确权登记按照新测面积进行登记，同时在土地确权中遇到纠纷不能处理的，应及时采取当事人协商，政府处理，法院起诉等途径及时解决纠纷，以方便进行确权登记。
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