Schrodinger方程是量子力学的基础
　　式中，H为体系的哈密顿算符；为波函数；E为能量。原子、分子体系的哈密顿算符H包括原子核的动能、电子的动能、原子核与电子间的库仑吸引能、原子核间的库仑排斥能和电子间的库仑排斥能。在原子单位中，哈密顿算符可以写成
　　式中，n和N分别为体系包含的电子和原子核的数目；下标i，j用于标记不同的电子；，标记原子核；M为原子核的质量；ri和rj为电子的坐标矢量，R和R为原子核的坐标矢量；乙和乙，为原子核的电荷数。Schrodinger方程的形式虽然简单，但是求解非常困难。目前，除氢原子、类氢离子和氢分子离子等少数简单体系外，一般原子和分子体系的Schrodinger方程没有解析解，只能求得近似的数值解。
　　求解Schrodinger方程数值解的最常用方法是变分原理（variationalprinciple）。根据变分原理，对于任意给定的近似波函数，由式（83）计算得到的近似能量E总是大于体系的基态能量E0，
　　并且，当近似波函数趋近于精确的基态波函数0时，近似能量E趋近于基态能量E0。在量子化学中，并不直接计算近似波函数，而是用一组特别设计的特殊函数（基组函数）展开波函数，把求解Schrodinger方程转化为求解展开系数。
　　除了变分原理和基组展开外，在量子化学中还用到一个重要的近似，即绝热近似或BornOppenheimer近似（BO近似）。最轻的H原子核的质量也是电子质量的1836倍以上，原子核的运动速度比电子的运动速度慢许多。因此，在原子核因运动而发生位置变化后，电子可以很快地调整运动状态，达到最终的平衡状态。据此，BO近似假设，根据Schrodinger方程计算电子波函数时可以固定或冻结原子核的坐标比，只计算
　　根据经典力学，原子核的运动轨迹可以由牛顿第二定律得到
　　以上就是以Schrodinger方程为基础的BOMD模拟的基本原理。

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