消化内科
长海医院消化内科已形成“消化疾病内镜诊治、胰腺疾病基础与临床研究、胃肠动力障碍疾病诊治、胃肠道早期肿瘤微创诊治、军事应激胃肠病防治”为主的学科特色。
2001年获批国家重点学科、军队“2110”工程重点建设学科、上海市医学重点学科。科室连续5年入围“全国最佳消化内科排行榜”前五名。
深入开展胆胰疾病内镜微创治疗，ERCP、EUS等关键技术达到国际一流水平；国际率先建立四项胰腺癌内镜诊疗新技术，提高胰腺癌患者的生存率和生存质量。
泌尿外科
长海医院泌尿外科是新中国成立后的第一批泌尿外科专业学科，2007年成为上海市重点学科和国家重点学科。2011年成为“国家重点基础研究发展计划（973计划）”项目牵头单位。
学科迅速发展，成为集医、教、研为一体的国内领先的优势学科，也是国内最大的微创泌尿外科培训基地之一。
学科在前列腺癌的早期诊断、根治手术以及综合治疗方面处于国际领先水平，在泌尿系结石微创治疗，肾癌、膀胱癌的微创手术治疗以及肾移植、男科疾病的诊治等领域处于国内领先水平。
心血管外科
海军军医大学第一附属医院胸心外科是我国成立胸心外科专业较早的单位之一。为全军胸心外科研究所、国家重点学科、国家临床重点学科、全军心脏外科重点实验室。
在国内率先开展人造心脏瓣膜的研制，并成功施行了我国首例人造心脏瓣膜置换术，确立了人造瓣膜研究与瓣膜病外科治疗领域的优势地位；在高龄冠心病患者的外科治疗、危重症冠心病外科治疗、急诊冠脉旁路移植手术等方面积累了大量经验。
烧伤外科
长海医院烧伤科是国家重点学科，上海市医学领先专业重点学科、上海市烧伤急救中心，全军烧伤研究所和全军休克与器官损伤防治重点实验室。
2011年长海医院烧伤科发展为长海医院烧创伤中心，成为国内集医教研为一体、综合规模最大和条件最完善的烧创伤基地之一。
大面积深度烧伤治疗处国际领先水平；在创面修复、重症医学及多发伤和复合伤救治等领域形成新的医疗特色。
中医肿瘤科
中医肿瘤科前身系长海医院中医科，现为国家教育部高等学校中西医结合（临床）重点学科、国家中医药管理局中医内科（肿瘤）重点学科、全国肝胆病防治技术示范基地，在中医药防治肝胆肿瘤临床及科研水平居于全国领先地位。
科室始终坚持以肝癌中西医结合诊疗为学科发展主方向。创新建立“癌毒”理论，在全国率先通过标准方法制定肝癌中医证候标准，在”中医药应该也可以贯穿于肝癌防治全过程”的理念指导下针对肝癌早中晚期不同阶段的特点制定了系列中西医结合诊疗方案。
