不合法，实际上班按全勤处理是不合法的，打卡是公司的管理制度，如果有其他处罚则属于企业内部问题，只要不违法就应当尊重，但是，上了班视为旷工的制度超出了企业自治的范围，所以不合法。劳动者付出劳动就有获得报酬的权利。这是劳动法的基本原则。
　　《劳动法》
　　第三条
　　劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利、休息休假的权利、获得劳动安全卫生保护的权利、接受职业技能培训的权利、享受社会保险和福利的权利、提请劳动争议处理的权利以及法律规定的其他劳动权利。
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