从拟南芥幼苗中富集细胞质RNA颗粒

　　该篇实验方法已经在NaturePlants文章RibosomestallingandSGS3phaseseparationprimetheepigeneticsilencingoftransposons中验证过。原作者将该方法的详细版本发表在Bioprotocol期刊，欢迎大家进入Bioprotocol期刊直接与作者交流。
　　简介
　　在这篇Bioprotocol文章中，来自中国科学院分子细胞科学卓越创新中心的JungnamCho研究组的研究人员为我们描述了从拟南芥幼苗中富集细胞质RNA颗粒（RGs）的技术工作流程。
　　亮点
　　1。该方法适用于其他任何具有强RGs形成的植物样品；
　　2。该方法得出的RGs组分结果可通过RNAseq和基于质谱的蛋白质组学方法进行进一步测试。
　　Figure1。SchemeofRNAgranuleenrichment
　　背景介绍
　　RNA颗粒（RGs）是一种非膜相细胞结构，它与多种生物过程都息息相关。其中，应激颗粒（SGs）包含非翻译mRNA和各种RNA结合蛋白，作为mRNA的分类位点用于储存、翻译重新启动或降解。数个研究表明从转座子而来的siRNA在siRNA体中产生，这通常与SGs相关。与此一致，作者团队最新的工作成果首次在植物中发现SGs含有弱翻译RNA，其中大部分来自于转座子。
　　鉴于RGs在各种生物过程中的重要性和普遍性，鉴定其RNA和蛋白质成分是了解RGs介导控制基因表达的关键第一步。因此，作者在这里描述了一种从拟南芥幼苗中富集RGs的通用方法。
　　步骤节选
　　stepA。Overview
　　stepB。Plantpreparation
　　stepC。RNAgranuleenrichment
　　1。Grind2gofseedlingsintoafinepowderinliquidnitrogenusingaprecooledmortarandpestle。
　　2。Collectthesamples（approximately5ml）intoa50mltubeandresuspendin5mlofRGlysisbuffer（seeRecipe3）。
　　3。FiltertheresultingslurrythroughfourlayersofMiraclothinafunneltoa50mlconicaltubeandcentrifugeat850gfor5minat4Ctopelletcelldebris。
　　4。Transferthesupernatanttoanew50mltubeandadd5mlofRGlysisbuffer。
　　5。Centrifugeat4，000gfor10minat4Canddiscardthesupernatant。
　　6。Resuspendthepelletin2mlofRGlysisbuffer。Centrifugeat18，000gfor10minat4C。
　　7。Resuspendthepelletin2mlofRGlysisbuffer，vortex，andcentrifugeat18，000gat4Cfor10min。
　　8。Discardthesupernatantandresuspendthepelletsgentlyin1mlofRGlysisbuffer。Centrifugeat850gfor10minat4C。
　　9。Transferthesupernatant（enrichedwithRGs）intoa1。5mlmicrocentrifugetubewithoutdisturbinganyresidueandkeepitinafreezeruntiluse。
　　stepD。RNAanalysis
　　ThefinalRGfractionresultingfromtheprotocoldescribedabovecanbesubjectedtoregularRNAextractionandsubsequentlytestedforeithertargetedRNAanalysesusingRTqPCRortranscriptomewideprofilingwithRNAseq。
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　　原文链接：https：s。bioprotocol。org70a94e82b175da83
　　Bioprotocol简介
　　Bioprotocol于2011年在斯坦福大学创建，致力于搭建全球权威的、高质量的生物实验方案分享平台，以助力科学发现。Bioprotocol期刊是Bioprotocol旗下的一份同行评审的国际学术期刊，发表高质量的生命科学实验方案，旨在提高科研的可重复性。至今，Bioprotocol已发表了来自全球上万名优秀科研工作者（包括多名诺贝尔奖获得者）的4000多篇实验方案，并且同Science、eLife等12家国际权威科学杂志建立长期合作关系，共同促进生命科学研究的可重复性。2019年Bioprotocol期刊已被PubMedCentral，ESCI收录。