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如何看懂文献里的那些图(1)(免疫沉淀)

夏老师的书是通过金主爸爸送出去了好多 ,问了一下反馈,基本上是听我夏季把讲的文献是看得懂,文章结构也能基本明白了,但要命的是居然好多人看不懂文献里的图 。

那真没办法了,夏老师只能从头开始,夏季把教你们看看文献里的图片怎么看了。首先要明确一下,所有的文献,大概只有两种Figure(拿小本子可以先开始记笔记了哈!):

没错,文献里只有两种Figure,一种是黑白的,另一种是彩色的。

黑白的图吧,一般都是些类似Excel做出来的柱状图啊,折线图之类的。但关键的,还有黑白图片是Western图,这类图也特别多。大概会表现成这样:

嗯,没错,就是这样黑黑的一坨。这个主要原理就是通过一抗二抗结合抗原后放大信号,黑色越深也就是蛋白越多。通过类似Image J之类的软件进行灰度值分析,得出大概的表达量(也就是旁边的柱状图,还真有不少人问:“夏老师,这柱状图数值是怎么来的啊”)。

这种我估计你们一般都能看得懂,再比这个图深入点的话,就是IP(免疫共沉淀)分析的:

当看到这样的图的时候,可能你会觉得还好,能看得懂。但也有人看不懂哈,我们就夏季把随便讲讲。首先IP是用来检测蛋白的互作的,就是差不多两个蛋白要是互作的话,就会像这样结合到一起:

那用包被着A蛋白抗体的微球,抓住A蛋白后,同时也会把与之相结合的C蛋白顺带拉下来。B蛋白要是结合不是特别牢固的话,就拉不太下了。

通过离心沉淀下来后,洗掉没沉淀的蛋白,用Western来检测一下拉下来的蛋白中B蛋白和C蛋白的量,就能知道B蛋白和C蛋白与A蛋白之间的结合互作情况了。

一般的IP的图里,会有Input,这个就是指总的蛋白中的量。还会有个蛋白旁边写着IP,这个就是用来纯化的蛋白抗体。另一边的蛋白旁边会写着IB或者WB,这个一般是用来做Western的蛋白抗体。比如上面这个图,就是在总蛋白中,用A蛋白抗体纯化出来的蛋白,分别用B蛋白抗体和C蛋白抗体进行Western来检测。

主要看的,就是A蛋白能结合的B蛋白和C蛋白的量。可以发现C蛋白和A蛋白结合力更强,B蛋白和A蛋白结合的并不好。

当然,还会有这样的图,会在IP的过程中,加入处理条件:

+号和-号,就是是否加入药物(这里也可以是siRNA、shRNA、XXX信号通路抑制剂、促进剂等等),然后看的主要是处理和未处理情况下,蛋白结合的差异。比如上面这个图,显示的就是,加入药物处理后,B蛋白和A蛋白之间的结合明显增强。

按照这个思路,是不是能看懂这样的图了呢?

好了,我是给你们夏季把讲科研的夏老师,今天就先策到这里吧,祝你们心明眼亮。

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