中科院在北京、上海、沈阳、长春、南京、武汉、兰州、昆明、西安、广州、成都、乌鲁木齐等12个城市布局了分院，这些成立集中设置了多个研究所，这些研究所给这个城市的科学研究和技术创新带来了很大的好处。
其实除了这12个城市外，在另外一些城市也设置了部分研究所。如合肥物质科学研究院，重庆绿色智能研究院、深圳先进技术研究院、福州海西研究院、苏州生物医学工程技术研究所、南昌稀土研究院、贵阳地球化学研究所、太原煤炭化学研究所、天津工业生物技术研究所、青海盐湖所、三亚深海科学与工程研究所、大连化学物理研究所、宁波材料技术与工程研究所、青岛生物能源与过程研究所等。
除此之外，中科院在一些城市布局了高校，比如合肥中科大、上海科技大学、深圳理工大学，还有中科院大学在这些城市设置校区，如广州学院、南京学院、重庆学院、成都学院、太原能源学院等。
在此基础上，中科院大学通过合作、兼并的方式，又在全国部属了5家直属医院，如华北医院、深圳医院、重庆医院、宁波华美医院和重庆仁济医院等。
可见中科院的分支系统遍布多个省份和城市，当然，也有一些省份连一个建制性的研究所都没有，如人口大省河南省，没有争取到一点中科院的医院，实属遗憾！
河南应该加大与中科院的合作力度，积极引进中科院相关院所，或者将河南省科学院纳入到中科院系统，填补无国家队科研机构空白！
