《神兵小将第三部》大地慈爱的神兽之王女娲为了让人类的生活更美好，创造了各种能变化成神兵的神兵兽。借着各种神兵的不同能力，使获得帮助的世人日子过得更愉快，比如神农尺能帮人类治百病，十方明亮帮人类指示方向，神舞能为人类带来欢乐乐章等，人类与神兽是互相依赖，和平共处的。可是，千百年来与女娲势不两立的原始天魔，一心想统治所有人类，遂派出麾下大坏蛋天地盟主，将一只神兽魔化，成为邪恶神兵虎魄，并囚禁了玉龙国女元首，攻下了玉龙国。收复玉龙国、打败天地盟主之后，神兵小将们继续过着和平的生活。可好景不长，黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心，原始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝)，并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕(问天、问雅的妈妈)的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援，没想到南宫逸不在家，反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来，玉龙国元首知道了这件事，马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天，一场正邪大战又开始了!