前文说到，汪精卫、蔡元倍发起的南北调和，已使孙中山、黄兴等人大感屈辱，不料袁世凯口表欢迎，手上动作却一点都不含糊。6月9日，袁世凯指责李烈钧“不称其职”，“不孚众望”，下令罢免李的江西都督职务。12日，袁世凯又免去胡汉民广东都督职务，由陈炯明接任。
孙中山竭力主战，黄兴也改变了忍耐决心。6月12日，孙中山交给黄兴五万元现金，黄兴再次指示湖北党人，率先起事，打乱袁世凯以湖北为根据地进攻江西的部署。季雨霖、詹大悲、宁调元，熊越山等人先後后由上海返回武汉，使用国民党的名义，決定联络军队及退伍士兵于6月25日夜发动，放火为号。孙中山又派南下参议员张继及马君武、邵元冲、白海桓四人到江西，动员刚刚卸任的李烈钧声罪讨袁。但这时李烈钧鉴于他的五省同盟反袁主张久久得不到响应，部分将领厌战、被袁世凯收买，已经顾虑重重，打起了退堂鼓，于是通电下野。
李烈钧到上海前，孙文已于6月16下午与妾侍陈粹芬乘瑞泰轮经香港于6月18日到澳门，探视病危长女。21日晚，孙中山与陈炯明在江汉军舰见面，陈炯明表示他不愿意接任广东都督，也不赞成二次革命。孙中山则以革命精神相激。谈了几乎一个通宵。两人分手时，谁也没有说服谁。
6月29日，孙中山心情十分沮丧的回的上海，见到同样意气消沉无所事事的李烈钧，唯有一声叹息。6月30日，袁世凯再免安徽都督柏文蔚职。当日有吉明拜访孙中山，孙中山第一次在日本人面前表现得消极悲观、灰心丧气，并为去年以来鼓吹中央集权主义后悔不已，“广东方面，陈炯明虽鼓吹强硬论，但部下干部之三数有力者，已为袁所收买。且本人自去年以来所鼓吹袁中心主义已深入人心，今一旦使其产生反对之观念，实属至难，多数希望和平，结果难图大事。......与南下前不同，对于我派之势力完全悲观，惟同志在议会比地方稍具希望，因而打算促使已南下之张继等有影响力的逐渐返回北京，同时，事实上，李烈钧等在江西将不可能作何等筹划。”孙中山气馁，在座的陈其美却坚持称未到山穷水尽之时，尚有可为。频频谓黄兴之徒，名曰自重，实则迟疑踌躇，结果误却大事。
想想实在不甘心，明知不可为而为之，找来李烈钧商量，要其打电报回去征询亲信将领意见。7月6日，救驾的来了，江西第1旅旅长林虎派遣团长李思广到上海向李烈钧报告：“倘同志各省有意讨袁。我愿以本部首先发难。以报诸公待本部之苦衷。无论若何。总可望支持两星期。过此无援。亦可退湘边或粤边。再想办法。”
孙中山为李烈钧摆酒壮行，李烈钧愿效荆柯刺秦，遂于7月7日自上海轻装潜返江西，于7月12日占领湖口炮台，檄告中外，宣布独立。