RCircos包绘制染色体模式图20200401

　　1。设置当前工作目录
　　setwd（。RC）
　　2。安装和导入R包：RCircos
　　install。packages（RC）
　　library（RC）
　　3。RCircos包简要信息
　　3。1DESCRIPTION
　　Package：RCircos
　　Type：Package
　　Title：Circos2DTrackPlot
　　Version：1。2。1
　　Date：20190310
　　Author：HongenZhang
　　Maintainer：HongenZhang
　　Description：AsimpleandflexiblewaytogenerateCircos2Dtrackplotimagesforgenomicdatavisualizationisimplementedinthispackage。Thetypesofplotsinclude：heatmap，histogram，lines，scatterplot，tilesandplotitemsforfurtherdecorationsincludeconnector，link（linesandribbons），andtext（gene）label。AllfunctionsrequireonlyRgraphicspackagethatcomeswithRbaseinstallation。
　　License：GPL（2）
　　Depends：R（2。10）
　　URL：http：bitbucket。orghenryhzhangrcircos
　　NeedsCompilation：no
　　Packaged：2019031216：32：41UTC；hzhang
　　Repository：CRAN
　　DatePublication：2019031221：06：27UTC
　　Built：R3。6。0；；2019052821：23：44UTC；windows
　　3。2MAINFUNCTION
　　ls（package：RCircos）
　　〔1〕RCircos。Adjust。Scatter。V
　　〔2〕RCircos。Area。H
　　〔3〕RCircos。Area。P
　　〔4〕RCircos。Chromosome。Ideogram。P
　　〔5〕RCircos。Clear。T
　　〔6〕RCircos。Clear。Zoom。A
　　〔7〕RCircos。Customized。Connection。P
　　〔8〕RCircos。Customized。Shape。P
　　〔9〕RCircos。Data。P
　　〔10〕RCircos。defaultBasePerU
　　〔11〕RCircos。defaultCharW
　　〔12〕RCircos。defaultChromP
　　〔13〕RCircos。defaultCircosU
　　〔14〕RCircos。defaultTextS
　　〔15〕RCircos。Draw。Chromosome。I
　　〔16〕RCircos。E
　　〔17〕RCircos。Gene。Connector。P
　　〔18〕RCircos。Gene。Name。P
　　〔19〕RCircos。Get。Arrow。S
　　〔20〕RCircos。Get。Chromosome。O
　　〔21〕RCircos。Get。Data。Point。H
　　〔22〕RCircos。Get。Default。Base。Per。U
　　〔23〕RCircos。Get。Default。Char。W
　　〔24〕RCircos。Get。Default。Chrom。P
　　〔25〕RCircos。Get。Default。Circos。U
　　〔26〕RCircos。Get。Default。Text。S
　　〔27〕RCircos。Get。Gene。Label。L
　　〔28〕RCircos。Get。Gene。Name。Plot。P
　　〔29〕RCircos。Get。Heatmap。Color。S
　　〔30〕RCircos。Get。Heatmap。Color。Scale。L
　　〔31〕RCircos。Get。Heatmap。Data。C
　　〔32〕RCircos。Get。Link。C
　　〔33〕RCircos。Get。Padding。C
　　〔34〕RCircos。Get。Paired。Points。P
　　〔35〕RCircos。Get。Plot。B
　　〔36〕RCircos。Get。Plot。C
　　〔37〕RCircos。Get。Plot。I
　　〔38〕RCircos。Get。Plot。L
　　〔39〕RCircos。Get。Plot。P
　　〔40〕RCircos。Get。Plot。P
　　〔41〕RCircos。Get。Polygon。H
　　〔42〕RCircos。Get。Single。Point。P
　　〔43〕RCircos。Get。Start。End。L
　　〔44〕RCircos。Get。Supported。HeatmapC
　　〔45〕RCircos。Get。Supported。Plot。T
　　〔46〕RCircos。Get。Track。P
　　〔47〕RCircos。Get。Zoom。D
　　〔48〕RCircos。Get。Zoom。R
　　〔49〕RCircos。Heatmap。P
　　〔50〕RCircos。heatmapC
　　〔51〕RCircos。Highligh。Chromosome。I
　　〔52〕RCircos。Histogram。P
　　〔53〕RCircos。Ideogram。Tick。P
　　〔54〕RCircos。Initialize。Plot。P
　　〔55〕RCircos。Label。Chromosome。N
　　〔56〕RCircos。Label。Zoom。R
　　〔57〕RCircos。Line。P
　　〔58〕RCircos。Link。L
　　〔59〕RCircos。Link。P
　　〔60〕RCircos。List。Plot。P
　　〔61〕RCircos。Mark。Zoom。A
　　〔62〕RCircos。Multiple。Species。Core。C
　　〔63〕RCircos。Multiple。Species。D
　　〔64〕RCircos。paddingC
　　〔65〕RCircos。Parallel。Line。P
　　〔66〕RCircos。Plot。Heatmap。Color。S
　　〔67〕RCircos。Plot。Zoomed。A
　　〔68〕RCircos。Plot。Zoomed。Continue。L
　　〔69〕RCircos。Plot。Zoomed。Gene。C
　　〔70〕RCircos。Plot。Zoomed。H
　　〔71〕RCircos。Plot。Zoomed。H
　　〔72〕RCircos。Plot。Zoomed。Ideogram。T
　　〔73〕RCircos。Plot。Zoomed。Parallel。L
　　〔74〕RCircos。Plot。Zoomed。P
　　〔75〕RCircos。Plot。Zoomed。S
　　〔76〕RCircos。Plot。Zoomed。T
　　〔77〕RCircos。Plot。Zoomed。Vertical。L
　　〔78〕RCircos。plotT
　　〔79〕RCircos。Point。P
　　〔80〕RCircos。Polygon。P
　　〔81〕RCircos。Pseudo。Ideogram。From。L
　　〔82〕RCircos。Pseudo。Ideogram。From。T
　　〔83〕RCircos。Reset。Plot。I
　　〔84〕RCircos。Reset。Plot。P
　　〔85〕RCircos。Reset。Plot。P
　　〔86〕RCircos。Ribbon。P
　　〔87〕RCircos。Scatter。P
　　〔88〕RCircos。Set。Base。Plot。P
　　〔89〕RCircos。Set。Core。C
　　〔90〕RCircos。Set。Cytoband。D
　　〔91〕RCircos。Set。Plot。A
　　〔92〕RCircos。Set。Zoom。Plot。P
　　〔93〕RCircos。Sort。Genomic。D
　　〔94〕RCircos。Tile。P
　　〔95〕RCircos。Track。O
　　〔96〕RCircos。Validate。Cyto。I
　　〔97〕RCircos。Validate。Genomic。D
　　〔98〕RCircos。Validate。Genomic。I
　　〔99〕RCircos。Validate。Plot。P
　　〔100〕RCircos。Validate。Track。P
　　〔101〕RCircos。Vertical。Line。P
　　〔102〕RCircos。W
　　〔103〕RCircos。Zoom。Area。O
　　〔104〕RCircos。Zoom。Paired。Plot。P
　　〔105〕RCircos。Zoom。Single。Plot。P
　　〔106〕RCircos。ZoomIn。C
　　〔107〕RCircos。ZoomOut。C
　　4。导入测试数据以及绘制复合染色体模式图（Circos）
　　导入测试数据
　　data（RCircos。Histogram。Data）
　　head（RCircos。Histogram。Data）
　　ChromosomechromStartchromEData
　　1chr145000000499999990。070859
　　2chr155000000599999990。300460
　　3chr160000000649999990。125421
　　4chr170000000749999990。158156
　　5chr175000000799999990。163540
　　6chr180000000849999990。342921
　　data（RCircos。Heatmap。Data）
　　head（RCircos。Heatmap。Data）
　　ChromosomechromStartchromEndGeneNX786。OA498
　　1chr1934341935552HES46。757817。38773
　　2chr1948846949919ISG157。5629710。49590
　　3chr111388871142089TNFRSF184。697754。55593
　　4chr112706571284492DVL17。768867。52194
　　5chr112880701293915MXRA84。498054。72032
　　6chr115929381624243SLC35E2B8。731048。10229
　　A549。ATCCACHNBT。549CAKI。1
　　16。478906。055178。850627。00307
　　25。898937。5809512。084707。81459
　　34。389704。500644。475254。47721
　　46。871257。035177。653867。69733
　　54。622074。585755。663894。93499
　　68。365999。041169。241759。89727
　　data（RCircos。Link。Data）
　　head（RCircos。Link。Data）
　　ChromosomechromSchromEndChromosome。1chromStart。1
　　1chr182847038285399chr18285752
　　2chr18598014385980624chr7123161313
　　3chr1118069850118070319chr1118070329
　　4chr1167077258167077658chr1169764630
　　5chr1171671272171671550chr1179790879
　　6chr1174333479174333875chr6101861516
　　chromEnd。1
　　18286389
　　2123161687
　　3118070689
　　4169764965
　　5179791292
　　6101861840
　　data（UCSC。HG19。Human。CytoBandIdeogram）；
　　head（UCSC。HG19。Human。CytoBandIdeogram）；
　　ChromosomeChromStartChromEBStain
　　1chr102300000p36。33gneg
　　2chr123000005400000p36。32gpos25
　　3chr154000007200000p36。31gneg
　　4chr172000009200000p36。23gpos25
　　5chr1920000012700000p36。22gneg
　　6chr11270000016200000p36。21gpos50
　　data（UCSC。Mouse。GRCm38。CytoBandIdeogram）；
　　head（UCSC。Mouse。GRCm38。CytoBandIdeogram）；
　　ChromosomeChromStartChromEndBStain
　　1chr108840440qA1gpos100
　　2chr1884044012278390qA2gneg
　　3chr11227839020136559qA3gpos33
　　4chr12013655922101102qA4gneg
　　5chr12210110230941543qA5gpos100
　　6chr13094154343219933qBgneg
　　data（UCSC。Baylor。3。4。Rat。cytoBandIdeogram）；
　　head（UCSC。Baylor。3。4。Rat。cytoBandIdeogram）；
　　ChromosomeChromStartChromEndBandStain
　　1chr1010142096p13gneg
　　2chr11014209624272657p12gvar
　　3chr12427265738517175p11gneg
　　4chr13851717548659271q11gpos
　　5chr14865927169741157q12gneg
　　6chr16974115790025350q21gpos
　　chr。NULL；
　　cyto。UCSC。HG19。Human。CytoBandI
　　tracks。10；
　　tracks。0；
　　RCircos。Set。Core。Components（cyto。info，chr。exclude，tracks。inside，tracks。outside）；
　　？RCircos。Reset。Plot。Parameters
　　rcircos。RCircos。Get。Plot。Parameters（）；
　　rcircos。RCircos。Get。Plot。Ideogram（）；
　　rcircos。RCircos。Get。Plot。Positions（）；
　　RCircos。List。Plot。Parameters（）
　　rcircos。RCircos。Get。Plot。Parameters（）；
　　rcircos。paramsbase。per。3000；
　　RCircos。Reset。Plot。Parameters（rcircos。params）；
　　RCircos。List。Plot。Parameters（）；
　　4。1InitializeGraphicDevice
　　RCircosprovidesasetofgraphicplotfunctionsbutdoesnothandlegraphicdevices。TomakeRCircosplots，agraphicdevicehastobeopenedfirst。Currently，RCircosworkswithfilessupportedbyRgraphicspackagesuchastiff，png，pdfimagesaswellasGUIwindows。Forexample，tomakeapdffilewithRCircosplotimage：
　　out。RCircosDemoHumanGenome。；
　　pdf（fileout。file，height8，width8，compressTRUE）；
　　RCircos。Set。Plot。Area（）；
　　RCircos。Set。Plot。Area（）willsetupplotareabaseontotalnumberoftracksinsideandoutsideofchromosomeideogram。UsercanalsosetupplotareabysummittheRarea，forexample：
　　par（maic（0。25，0。25，0。25，0。25））；
　　plot。new（）；
　　frame（）
　　plot。window（c（2。5，2。5），c（2。5，2。5））；
　　Aftereverythingisdone，thegraphicdeviceneedstobeclosedwithdev。off（）
　　4。2PlotChromosomeIdeogram
　　ForRCircosplot，acommonfirststepistodrawchromosomeideogramsandlabelchromosomeswithnamesandhighlights。AftertheRCircoscorecomponentswereinitializedandgraphicdevicewasopen，simplycallthefunctionofRCircos。Chromosome。Ideogram。Plot（）willaddthechromosomeideogramtothecurrentplot。
　　RCircos。Chromosome。Ideogram。Plot（）；
　　4。3GeneLabelsandconnectorsonRCircosPlot
　　Duetotheresolutionissues，onlylimitednumberofgenenamescanbelabeled。Forbestvisualization，cexshouldbenolessthan0。4whendrawgenelabels。
　　data（RCircos。Gene。Label。Data）；
　　name。4；
　　；
　　track。1；
　　RCircos。Gene。Connector。Plot（RCircos。Gene。Label。Data，track。num，side）；
　　track。2；
　　RCircos。Gene。Name。Plot（RCircos。Gene。Label。Data，name。col，track。num，side）；
　　4。4Heatmap，Histogram，Line，Scatter，andTilePlot
　　Heatmap，histogram，line，scatter，andtileplotwithRCircosrequirethatthefirstthreecolumnsofinputdataaregenomicpositioninformationintheorderofchromosomename，start，andendposition。
　　data（RCircos。Heatmap。Data）；
　　data。6；
　　track。5；
　　；
　　RCircos。Heatmap。Plot（RCircos。Heatmap。Data，data。col，track。num，side）；
　　data（RCircos。Scatter。Data）；
　　data。5；
　　track。6；
　　；
　　by。1；
　　RCircos。Scatter。Plot（RCircos。Scatter。Data，data。col，track。num，side，by。fold）；
　　data（RCircos。Line。Data）；
　　data。5；
　　track。7；
　　；
　　RCircos。Line。Plot（RCircos。Line。Data，data。col，track。num，side）；
　　data（RCircos。Histogram。Data）；
　　data。4；
　　track。8；
　　；
　　RCircos。Histogram。Plot（RCircos。Histogram。Data，data。col，track。num，side）；
　　data（RCircos。Tile。Data）；
　　track。9；
　　；
　　RCircos。Tile。Plot（RCircos。Tile。Data，track。num，side）；
　　4。5Links：ASpecialPlot
　　Linkspresentsrelationshipoftwogenomicpositionsanditisalwaysthelasttrackinsidechromosomeideogram。Differentfromotherdataplots，inputdataforlinksplotisadataframewithpairedgenomicpositionsintheorderofchromosome，start，andendpositionforeachonegenomicposition。
　　data（RCircos。Link。Data）；
　　track。11；
　　RCircos。Link。Plot（RCircos。Link。Data，track。num，TRUE）；
　　data（RCircos。Ribbon。Data）；
　　RCircos。Ribbon。Plot（ribbon。dataRCircos。Ribbon。Data，track。num11，by。chromosomeFALSE，twistFALSE）；
　　dev。off（）；
　　4。6MoreInformation
　　demo（RCircos。Demo。H）；
　　demo（RCircos。Demo。Mouse。And。R）；
　　5。结束
　　sessionInfo（）
　　Rversion3。6。3（20200229）
　　Platform：x8664w64mingw32x64（64bit）
　　Runningunder：Windows10x64（build18363）
　　Matrixproducts：default
　　locale：
　　〔1〕LCCOLLATEChinese（Simplified）China。936
　　〔2〕LCCTYPEChinese（Simplified）China。936
　　〔3〕LCMONETARYChinese（Simplified）China。936
　　〔4〕LCNUMERICC
　　〔5〕LCTIMEChinese（Simplified）China。936
　　attachedbasepackages：
　　〔1〕grD
　　〔7〕
　　otherattachedpackages：
　　〔1〕RCircos1。2。1
　　loadedviaanamespace（andnotattached）：
　　〔1〕compiler3。6。3tools3。6。3packrat0。5。0