TCGA数据库讲解与数据下载

　　TCGA（Thecancergenomeatlas）是一个非常重要的癌症数据库，其主要收录各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化等数据，是癌症研究者很重要的数据来源。
　　TCGA官网：https：cancergenome。nih。govabouttcgaoverview
　　01：
　　数据等级
　　TCGA存储的数据可分为三个级别：
　　Level1：原始的测序数据（fasta，fastq等）
　　Level2：比对好的bam文件
　　Level3：为经过处理及标准化的数据
　　Level1和Level2文件很大，若要下载可使用官方提供的小工具：GDCDataTransferTool，然后自己重新比对来callmutation，或者提取countdata做差异表达分析（不适合懒人操作，且大多数人很难拿到权限，下面会说）。
　　02：
　　数据权限
　　Level1和Level2数据为controlledaccess（限制下载），Level3有部分是controlledaccess，其余是开放下载，若你想下载的数据level显示“Unauthorized”，则表示不能直接下载，需要先向TCGA申请使用权限。
　　比如：
　　理论上，限制下载的数据可以通过申请dbgap账号获得下载权限，但是申请这个账号需要NIHNCI资格审核，且需要提供eRAaccountID（在美国申请grant对应的ID），所以一般只有国外PI才可能申请通过。所以对小白来说这个基本是行不通的，小编建议还是乖乖下载3级数据。
　　03：
　　三级数据下载
　　TCGA3级数据下载网站主要有两个：
　　TCGA官方的dataportal：portal。gdc。cancer。gov
　　优点：数据最全，更新最快
　　缺点：每个样本是一个单独的文件，如果下载某一个癌症的RNA数据，要下载好几百个文件，然后合并（嫌麻烦的往下翻，小编强力推荐方法！！）。
　　下载方法介绍：
　　在主页搜索想要下载的癌症类型
　　以表达数据为例，可见LUAD共有515个case有RNASeq数据，点击进入。
　　左边可以对样本进行筛选，点击右侧数字可以下载表达数据（Exp），临床数据（Clinical）和Annotation（注释信息，可以找到样本ID对应的case，control情况）。
　　注意表达数据根据分为了HTSeqCounts，HTSeqFPKM，HTSeqFPKMUQ三种类型，Counts是数据后台没有处理的原始表达量，而FPKM和FPKMUQ是两种数据标准化处理后的数据，一般差异表达下载counts，下载所有样本后合并，用DESeq即可。
　　FPKM，FPKMUQ计算方法：
　　
　　Firehose服务器：gdac。broadinstitute。org
　　优点：数据也来源于portal。gdc。cancer。gov，但是将同一种癌症、同种类型的数据合并到了一起，超级方便，一键下载，无需合并数据。
　　下载方法介绍：
　　点击LUAD对应的DataBrowse
　　稍等片刻，会弹出LUAD项目所有样本合并后的3级数据，需要什么数据点击文本即可下载，非常方便快捷。当然也可以下载临床数据等，各取所需了。
　　今天小编就为大家介绍这么多，当然还有其他下载方法，以及一些TCGA在线分析工具，不需要下载数据即可进行分析，小编下次再给大家介绍喽。
　　生信草堂