南京目前共有11条地铁线在运营，分别是地铁1号线、2号线、3号线、4号线、10号线、S1号线、S3号线、S6号线、S7号线、S8号线、S9号线。
地铁1号线途经栖霞区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，共设置27座车站，分别是迈皋桥站、红山动物园站、南京站、新模范马路站、玄武门站、鼓楼站、珠江路站、新街口站、张府园站、三山街站、中华门站、安德门站、天隆寺站、软件大道站、花神庙站、南京南站、双龙大道站、河定桥站、胜太路站、百家湖站、小龙湾站、竹山路站、天印大道站、龙眠大道站、南医大·江苏经贸学院站、南京交院站、中国药科大学站。
地铁2号线途经建邺区、鼓楼区、秦淮区、玄武区和栖霞区，共设置30座车站，分别是鱼嘴站、天保街站、青莲街站、螺塘路站、油坊桥站、雨润大街站、元通站、奥体东站、兴隆大街站、集庆门大街站、云锦路站、莫愁湖站、汉中门站、上海路站、新街口站、大行宫站、西安门站、明故宫站、苜蓿园站、下马坊站、孝陵卫站、钟灵街站、马群站、金马路站、仙鹤门站、学则路站、仙林中心站、羊山公园站、南大仙林校区站、经天路站。
地铁3号线途经浦口区、鼓楼区、玄武区、秦淮区、雨花台区和江宁区，共设置29座车站，分别是林场站、星火路站、东大成贤学院站、泰冯路站、天润城站、柳洲东路站、上元门站、五塘广场站、小市站、南京站、南京林业大学·新庄站、鸡鸣寺站、浮桥站、大行宫站、常府街站、夫子庙站、武定门站、雨花门站、卡子门站、大明路站、明发广场站、南京南站、宏运大道站、胜太西路站、天元西路站、九龙湖站、诚信大道站、东大九龙湖校区站、秣周东路站。
地铁4号线一期工程途经鼓楼区、玄武区、栖霞区和江宁区，共设置18座车站，分别是龙江站、草场门站、云南路站、鼓楼站、鸡鸣寺站、九华山站、岗子村站、蒋王庙站、王家湾站、聚宝山站、徐庄站、金马路站、汇通路站、灵山站、东流站、孟北站、西岗桦墅站、仙林湖站。
地铁10号线途径浦口区、建邺区和雨花台区，线路西起雨山路站，跨越长江进入河西新城，东至安德门站，线路总长21.6千米；共设置14座车站，其中地下站13座，高架站1座。车站由西至东分别为雨山路站、文德路站、龙华路站、南京工业大学站、浦口万汇城站、临江.青奥体育公园站、江心洲站、绿博园站、梦都大街站、奥体中心站、元通站、中胜站、小行站、安德门站。
地铁S1号线途经雨花台区和江宁区，共设置9座车站，分别是南京南站、翠屏山站、河海大学·佛城西路站、吉印大道站、正方中路站、翔宇路北站、翔宇路南站、禄口机场站、空港新城江宁站。
地铁S3号线途经江宁区、雨花台区、建邺区和浦口区，共设置19座车站，分别是南京南站、景明佳园站、铁心桥站、春江路站、贾西站、油坊桥站、永初路站、平良大街站、吴侯街站地、高庙路站、天保站、刘村站、马骡圩站、兰花塘站、双垅站、石碛河站、桥林新城站、林山站、高家冲站。
南京地铁S6号线途经南京市栖霞区、江宁区和镇江市句容市，共设13座车站，分别是马群站、百水桥站、东郊小镇站、古泉站、南京猿人洞站、汤山站、泉都大街站、黄梅站、童世界站、华阳站、崇明站、句容站。
地铁S7号线途经江宁区和溧水区，共设置9座车站，分别是空港新城江宁站、柘塘站、空港新城溧水站、群力站、卧龙湖站、溧水站、中山湖站、幸庄站、无想山站。
地铁S8号线一期工程途经浦口区和六合区，共设置17座车站，分别是泰山新村站、泰冯路站、高新开发区站、信息工程大学站、卸甲甸站、大厂站、葛塘站、长芦站、化工园站、六合开发区站、龙池站、雄州站、凤凰山公园站、方州广场站、沈桥站、八百桥站、金牛湖站。
地铁S9号线途经江宁区、溧水区和高淳区，共设置6座车站，分别是翔宇路南站、铜山站、石湫站、明觉站、团结圩站、高淳站。
