为什么秦南琴的戏份会被删去？其主要原因是因为她和《神雕侠侣》中的小龙女形象有太大重复。
许多人都知道杨过的生母是穆念慈，却不知道在连载版《射雕英雄传》中设定的“秦南琴”才是杨过的母亲，后来在三联版及最新的新修版的《射雕英雄传》中，秦南琴和穆念慈的身份合二为一。
在连载版《射雕英雄传》中，丐帮岳州之会前夕郭靖和黄蓉闹了矛盾，在江南救了和爷爷一起捕蛇为生的秦南琴，在和郭靖短暂的相处下秦南琴对郭靖暗生情愫。后黄蓉找来，二人和好，而秦南琴见到黄蓉后自惭形秽，也就没有表达爱意。
在郭靖和黄蓉离开后，秦南琴遭铁掌帮的人虏走献给杨康，而此时杨康因未能得到穆念慈而将兽欲发泄在秦南琴身上，秦南琴因此怀孕。而穆念慈则目睹了这一切，伤心欲绝。二人为此想结束生命，却都来到孙不二的道观，看到题有“活死人墓”的王重阳画像。二人均在孙不二的劝解下放弃了自杀的念头。
后来秦南琴用蛇毒几乎毒死杨康，而杨康死后穆念慈为他殉情，秦南琴则独自将肚中婴儿生下，后被郭靖取名“杨过”。
在后来的版本中《射雕英雄传》中金庸删去了秦南琴，并将相关的戏份转到了穆念慈身上。其原因大概有这些:
一、将杨康洗白，他的形象由可恨变得可怜。在连载版中，杨康被刻画得卑鄙无耻，也不知情为何物。他得不到穆念慈就凌辱了秦南琴，显然一个登徒浪子形象。新版《射雕》中虽然杨康也是坏人，但他始终用情专一，且他性格的形成也与身世相关，这也使他得到一些读者的同情。
二、美化穆念慈。连载版穆念慈给人一种不识大体、不懂家国情仇的感觉，她盲目地爱着杨康，最大的黑点无疑是亲眼看到秦南琴被辱，后来得知秦南琴毒杀杨康还给了她一巴掌，并因为杨康的死去而殉情。
三、给了杨过一个清白的身世，如果按照连载版来写，杨过则是被人凌辱所生，即使成为大侠，也让人感到不太完美。
四、金庸删掉秦南琴最大的原因无疑是因为她与《神雕侠侣》中的小龙女有太大的重复，其表现在：
1.身世凄惨，秦南琴和小龙女都是身世凄惨之人，小龙女一出生便没了爹娘，而秦南琴也是和爷爷相依为命，且二人在小说中从头至尾都遭遇不幸。
2.性格相同，秦南琴和小龙女都是性格冰冷，对爱挚诚之人。秦南琴钟情于郭靖，对他人冷冰冰，让人感到不好相处，而小龙女也只对杨过热情，犹如带刺玫瑰。
3.与“活死人墓”结缘。秦南琴在被凌辱之后就见到题有活死人墓的王重阳画像，而小龙女一出生就在活死人墓成长。
4.都被人凌辱，秦南琴被杨康凌辱，而小龙女则失身于尹志平。
其实如果读过连载版的秦南琴的相关部分就会发现她的气质、性格和身世都太像小龙女了，如果“射雕三部曲”中她和小龙女都存在，角色便有重复感。金庸在三联版时便将秦南琴和穆念慈合为一体，但也使很《神雕侠侣》中的一些逻辑变得牵强起来。
比如，连载版中秦南琴不告诉杨过父亲死亡真相好理解，因为杨康一直是她心中的痛，是她的污点，她不愿过多提及；但三联版中穆念慈不说明真相却是为何？郭靖和黄蓉又没有对不起杨康，这样隐瞒只会增加杨过的疑虑。
比如，连载版中杨过是秦南琴之子，二岁时就徒手捏死毒蛇，这也解释了为何他后来能够救下神雕。
再比如，郭靖、黄蓉为何十多年未曾寻找杨过母子，连载版中郭靖和秦南琴并无太大渊源，且秦南琴爱慕郭靖也使得三人感情略显尴尬；而三连版中穆念慈是杨铁心义女，与黄蓉情同姐妹，多年来郭黄怎会对她不闻不问？
……
当然，三联版中的这些设定虽然有些牵强，但金庸总算是自圆其说，所以删掉秦南琴的戏份也就不无不可了！