谢邀。南京工业大学座落于六朝古都南京。由南京化工大学、南京建筑工程学院合并组建而成。具有百年办学历史，国家“111计划”重点建设高校，国家国防科技工业局、住房和城乡建设部与江苏省人民政府共建高校，江苏省重点建设高校、江苏省人才强校试点高校、国家首批深化创新创业教育改革示范高校。高校综合排名109。
合肥工业大学座落安徽省会城市合肥市。教育部直属的全国重点大学、国家“211工程”重点建设高校，985工程平台创新高校。全国首批国家建设高水平大学公派研究生项目签约高校，全国首批具有自主招生资格的全国重点大学，由教育部、工业和信息化部与安徽省共建。高校综合排名67。
有比较就有鉴别。从高校排名及整体优势看，合肥工业大学略好于南京工业大学。且合肥工业大学，在汽车制造领域有汽车“黄埔军校”之称。全国首批国家建设高水平大学公派研究生项目签约高校，对想出国继续深造学生更有强大的吸引力。汽车领域深究，为学生的就业打开了方便之门，也为我国汽车研究和制造提供和培养了大批可塑人才。
注：（参考材料，南工大、合工大学校简介）