西安交通大学和南开大学都是教育部直属研究型综合重点大学，国家"985工程"和"211工程"，入选世界一流大学建设高校A类。其中，西安交通大学是“九校联盟”成员。
1.学科专业
西安交通大学：硕士学位授权一级学科45个、博士学位授权一级学科31个、博士后流动站25个。一级重点国家学科8个，二级国家重点学科8个。
南开大学：硕士学位授权一级学科12个，博士学位授权一级学科30个，博士后科研流动站28个。一级学科国家重点学科6个，二级学科国家重点学科9个。
2.“双一流”建设学科
西安交通大学（8个）：力学、机械工程、材料科学与工程、动力工程及工程热物理、电气工程、信息与通信工程、管理科学与工程、工商管理。
南开大学（5个）：世界史、数学、化学、统计学、材料科学与工程。
3.学科评估
西安交通大学：A类学科14个，其中动力工程及工程热物理、电气工程等2个学科为A+；数学、力学、机械工程、工商管理等4个学科为A；应用经济学、马克思主义理论、材料科学与工程、电子科学与技术、控制科学与工程、计算机科学与技术、管理科学与工程、公共管理等9个学科为A-。有18个学科评为B类学科，其中B+为7个。
南开大学：A类学科14个，其中数学，化学，统计学，理论经济学，工商管理为A；应用经济学，政治学，马克思主义理论，中国语言文，中国史，世界史，物理学，生物学，环境科学与工程为A-。B类学科18个，其中B+8个。
从以上几个方面来看，西安交通大学稍微强一点，不多。