除了基因结构，测序深度的可视化外，IGV也可以展示基因组变异信息，支持以下两种文件格式
　　VCF
　　MAF
　　VCF是存储突变位点分型结果的标准文件格式，而MAF是由TCGA制订的，存储突变位点注释信息的文件格式。本文主要展示VCF文件导入IGV的详细过程。
　　首选我们需要对VCF文件建立索引，可以使用tabix软件来实现，操作方法如下
　　使用bgzip进行压缩
　　bgzipinput。vcf
　　对压缩文件建立索引
　　tabixpvcfinput。vcf。gz
　　建立索引之后，就可以直接将vcf。gz文件导入IGV进行查看，结果示意如下
　　VCF文件中存储了多个样本的分型结果，每个位点的突变类型用不同颜色表示
　　深蓝色，杂合突变
　　青绿色，纯合突变
　　灰色，纯合未突变
　　在最上方用柱状图来表示allel在所有样本中的频率，蓝色表示refallele，红色表示altallele。不同颜色表征不同的突变类型，可以形成类似热图的效果，方便直观的比较不同样本突变情况的异同。
　　end

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