在TCGA项目中，使用AffymetrixSNP6。0芯片来分析CNV，首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别loss还是gain，流程示意如下
　　对于CNV分析的结果，提出了SEG这种存储格式，内容示意如下
　　第一列为样本ID，第二列到第四列为segmentation分析后划分好的拷贝数相同的基因组区域，第五列为该区域包含的探针数，第六列的值称之为segmentmean，计算公式如下
　　log2（copynumber2）
　　类似转录组中log2foldchange的转换，对于二倍体生物，拷贝数增加时，该值大于0，拷贝数减少时，该值小于0。
　　SEG格式的文件可以导入IGV中进行查看，以TCGA中的一个拷贝数分析结果为例，从以下链接下载seg格式的分析结果
　　https：portal。gdc。cancer。govfiles60778de0458a4b5891cdfdb879235c0c
　　导入IGV之后，效果如下所示
　　IGV在读取SEG文件时，首先读取前4列的信息，第一列作为trackname，二到四列作为染色体位置，然后用最后一列的值作为segmentmean，其他列则忽略。默认情况下，用热图的形式来展示segmentmean值的分布，热图的图例可以通过菜单栏的VColorLegends进行查看，示意如下
　　也可以在这里修改热图的颜色。SEG格式格式可以同时存储多个样本的CNV分析结果，不同样本可以通过第一列的ID来进行区分，对于每个样本，都会用一行来展示其segmentmean值的分布。
　　将SEG导入之后，不仅可以查看不同样本间CNV分布的异同，还可以快速定位基因或者特定染色体区域的CNV情况。
　　end

涉足人数最多的无人区，并不神秘的罗布泊，。。。罗布泊这个词只要一出来，大多数人的脑海中一定还会衍生出这样一个词语神秘。其实对于去过罗布泊的人来讲，那里没有人类常年活动，是略微显得孤寂一些，但是绝对不神秘。星空还是那片星空、……明星阵容、重磅赛道、打新火爆：创新药公司。。。资本深探原创作者张遥今天，港交所推出全新“云敲锣”的网络上市仪式，首次以网络视频形式替代金融大会堂现场上市仪式。由世界知名结构生物学家施一公教授与崔霁松博士联合创立的生物……最新《Science》揭秘钙钛矿太阳能电池中“陷。。。混合无机有机钙钛矿太阳能电池的效率主要受到捕获电荷载流子并导致无用重组的缺陷的限制。近日，美国北卡罗来纳大学黄劲松教授（通讯作者）报道了金属卤化物钙钛矿单晶和多晶太阳能电池中“……喜马拉雅发现“帝王花”这是真的吗？植物专。。。在如今的网络上，每隔一段时间就会出现一些刷屏的东西，比如某人干了某事，而且还会引起广大网友的转发和讨论，但前段时间出现的喜马拉雅“帝王花”就令人摸不着头脑了，还说它400年才开……南海发现一种海中平头哥：体型虽小但威力惊。。。南海处在亚洲大陆南部的热带和亚热带区域，这里不仅水深，而且风大，既有交替的季风，又多猛烈的台风，惊骇的海浪为中国陆缘海之冠。南海物产丰富，是中国的一个宝库，有浮游动物约631种……病毒检测盒的原理是什么，为何其他国家都很。。。病毒试剂盒的生产技术已经相当成熟，只是大规模量产很难，新冠病毒让各个国家对检测试剂盒的需求大幅增加，而且对新冠病毒的检测至少需要P3级别的实验室，于是导致很多国家的检测能力跟不……江西农大功能型菜籽油新品种选育获得新进展作者：付东辉青年教授江西农业大学农学院随着人们生活水平的提高，健康问题也越来越突出。据2019版《中国高血压防治指南》报道，近年来我国高血压患病率仍是增长态势，……超过一百万只企鹅失踪！法属猪岛发生了什么。。。在马达加斯加和南极洲之间，广袤的南印度洋中有一个名为猪岛（非巴哈马猪岛）的火山岛，哪里人迹罕至，甚至连航线都很少通过那里，但那里却是企鹅的天堂，几十年前有超过500万对正在筑巢……下次吃寿司或生鱼片，你可能得三思而后吃了下次吃寿司或生鱼片的时候，你可能得三思而后吃了。根据西雅图华盛顿大学科学家发表在3月19日《全球变化生物学》杂志上的一项研究，自1970年代末以来，一种叫做海兽胃线虫（A……西北师大《AnalChem》高性能电化学发光，效。。。背景介绍环糊精（CD），宏观上由七个葡萄糖单位组成，是从玉米淀粉中提取的无毒性物质。CD空心圆锥结构与亲脂性的空腔和一个亲水表面。它是一种多用途的宿主，能与各种亲脂客体分……玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果在TCGA项目中，使用AffymetrixSNP6。0芯片来分析CNV，首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别lo……火星上面没有火，水星上面也没有水，五大行。。。有多少人曾经认为水星上面全是水、火星上面全是火，而金星则是遍地黄金呢？反正小时候仰望星空的时候，我是产生过这样的想法的，而且在很长时间以来都深信不疑。当然，现在知道了，这……